Informație

Comparații cantitative ale arborilor filogenetici

Comparații cantitative ale arborilor filogenetici


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Lucrez la o analiză filogenomică amplă a proteinelor implicate într-un anumit proces celular. Am construit un arbore filogenetic pentru fiecare proteină. Acum lucrez la compararea acelor copaci pentru a extrage categorii (adică, alela a a proteinei a apare cel mai frecvent cu alela b a proteinei b etc.). Am încercat să construiesc un super arbore folosind clann, dar arborele este extrem de dificil de interpretat. Prin urmare, aș dori să efectuez o comparație cantitativă (și o clasificare ulterioară) a fiecărui copac, dar nu îmi este clar cum să încep această analiză. Există o metodă standardizată pentru compararea arborilor filogenetici?


Nu știu dacă este exact ceea ce aveți nevoie, dar există algoritmi formali pentru compararea arborilor.

Există, în principiu, două abordări: una care utilizează lungimile arborilor (distanța punctajului ramurilor) și cealaltă care se ocupă numai de topologii (metrică de diferență simetrică): detalii și referințe pot fi găsite în manualul pentru treedist din pachetul phylip, care implementează atât .

PAUP* are o comandă sub același nume (treedist), care calculează numai metrica diferențelor simetrice. Această metrică este foarte intuitivă: descrie numărul total de partiții (= împărțiri) prezente doar pe unul dintre cei doi arbori.


Priveste filmarea: ALRO, ÎN INDUSTRIA AERONAUTICĂ (Iunie 2022).


Comentarii:

  1. Goltira

    În opinia mea, recunoașteți greșeala. Pot dovedi asta.Scrie-mi în PM, ne ocupăm noi.

  2. Mojin

    Cred că greșești.

  3. Donahue

    După părerea mea, aceasta este o întrebare interesantă, voi lua parte la discuție. Împreună putem ajunge la răspunsul corect. Sunt sigur.

  4. Milkree

    Am venit. Am citit-o. I thought a lot.

  5. Obadiah

    I would like to say a few words.



Scrie un mesaj