Informație

Este dinamică variația numărului de copii?

Este dinamică variația numărului de copii?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Există dovezi care să arate că variația numărului de copii se modifică în timp? Vreau să modelez interacțiunile la nivel de expresie ca o rețea bayesiană dinamică, dar o presupunere pe care va trebui să o fac abordarea mea este că este statică.


Întrebarea ta ar putea fi formulată mai specific pentru a evita ambiguitatea, dar reformulând în felul în care bănuiesc că vrei să spui, ("Există vreo dovadă care să arate că [rata] variației numărului de copii se schimbă în timp?"), atunci da, acolo este intr-adevar.

Rata depinde de mulți factori, inclusiv ce mecanism și ce organism și ce regiune a genomului organismului și, după cum a scris @Michael, de asemenea, ce scară (et. al.) este luată în considerare.

Așadar, presupunerea dvs. că rata este statică ar trebui probabil menționată în mod explicit.

Nature Reviews Genetics 10, 551-564 (august 2009) | doi:10.1038/nrg2593


Modificări temporale foarte dinamice ale numărului de copii ale genei TSPY la taurii în vârstă

Gena cromozomială Y TSPY este una dintre genele de codificare a proteinei de mamifer cu cel mai mare număr de copii și reprezintă un model biologic unic pentru studierea diferitelor aspecte ale variațiilor numărului de copii genomice. Acest studiu a investigat variabilitatea numărului de copii legată de vârstă a genei TSPY bovine, un aspect nou și nestudiat al biologiei TSPY care s-a demonstrat că variază între rasele de bovine, taurii individuali și țesuturile somatice. Subiecții acestui studiu prospectiv de 30 de luni au fost 25 de tauri Holstein, prelevați la fiecare șase luni. PCR cantitativă în timp real a fost utilizată pentru a determina numărul relativ de copii TSPY (rTSPY CN) și lungimea telomerilor din probele de ADN extrase din sânge. Douăzeci de tauri au prezentat o modificare a rTSPY CN după 30 de luni, deși doar 9 tauri au prezentat o schimbare semnificativă (4 creștere semnificativă în timp ce 5 scădere semnificativă, P<0,01). Eșantionarea secvențială a furnizat fluxul de rTSPY CN pe parcursul a șase observații în 30 de luni și a fost detectată o variație largă a rTSPY CN. Deși o tendință clară a direcției schimbării nu a fost identificată, schimbările extrem de dinamice ale rTSPY CN individuale la taurii în vârstă au fost observate aici pentru prima dată. În rezumat, am observat un rTSPY CN foarte variabil la tauri pe o perioadă scurtă de timp. Rezultatele noastre sugerează importanța unor studii suplimentare pe termen lung asupra dinamicii variabilității rTSPY CN.

Declarație de conflict de interese

Interese concurente: afilierea comercială nu modifică aderarea noastră la politicile PLOS ONE privind partajarea datelor și materialelor. TK a participat la furnizarea de mostre. Afilierea comercială nu are niciun interes concurent în orice alte declarații relevante referitoare la angajare, consultanță, brevete, produse în dezvoltare sau produse comercializate.

Cifre

Fig 1. Reprezentarea grafică a schimbării...

Fig 1. Reprezentarea grafică a modificării numărului de copii TSPY în cei 25 de tauri...

Fig 2. Schimbarea relativă a numărului de copii TSPY...

Fig 2. Modificarea relativă a numărului de copii TSPY pe parcursul perioadei de eșantionare de 30 de luni (rTSPY CN...

Fig 3. rTSPY CN măsurat prin qPCR...

Fig 3. rTSPY CN măsurat prin qPCR la fiecare șase luni (T0-T30) în timpul celor 30...


Spectrul de variații mari ale numărului de copii în 26 de populații indiene diverse: implicare potențială în diversitatea fenotipică

Variațiile numărului de copii (CNV) au oferit un aspect dinamic genomului uman aparent static. Am analizat CNV-uri mai mari de 100 kb la 477 de indivizi sănătoși din 26 de populații indiene diverse din medii lingvistice, etnice și geografice diferite. Aceste CNVR au fost identificate folosind matricea Affymetrix 50K Xba 240. Am observat 1.425 și 1.337 de CNVR în seturile de ștergere și, respectiv, de amplificare, după cumularea datelor de la toate populațiile. Mai mult de 50% dintre genele cuprinse în întregime în CNV au avut atât deleții, cât și amplificări. A existat o mare variabilitate între populații nu numai în ceea ce privește extinderea CNV (variind de la 0,04-1,14% din genom sub deleție și 0,11-0,86% sub amplificare), ci și în ceea ce privește îmbogățirile funcționale ale proceselor precum keratinizarea, serin proteaze și inhibitorii acestora, cadherine, homeobox, receptori olfactivi etc. Acestea nu au corelat cu mediile lingvistice, etnice, geografice și cu dimensiunea populațiilor. Anumite procese au fost aproape exclusive ale seturilor de date de ștergere (proteaze serinoase, keratinizare, receptori olfactivi, GPCR) sau duplicare (homeobox, inhibitori de protează serină, morfogeneza membrelor embrionare). S-a observat că populațiile care au aceleași procese îmbogățite conțin gene din loci genomici diferiți. Compararea CNVR-urilor polimorfe (5% sau mai mult) cu cele catalogate în baza de date a variantelor genomice a arătat că 78% (2473) dintre genele din CNVR-urile din populațiile indiene sunt noi. Validarea CNV-urilor folosind Sequenom MassARRAY a dezvăluit o eterogenitate extinsă în limitele CNV. Explorarea profilurilor CNV în astfel de populații diverse ar oferi o resursă foarte valoroasă pentru înțelegerea diversității în fenotipuri și boli.


Este dinamică variația numărului de copii? - Biologie

Un catalog curat al variațiilor structurale în genomul uman

  • Câtă variație a numărului de copii (CNV) există între genomul uman?
  • Cum pot fi încorporate cel mai bine CNV-urile în studiile de asociere a întregului genom?
  • Care este contribuția variației numărului de copii la boala genetică?
  • Care este contribuția relativă a diferitelor mecanisme mutaționale la CNV?
  • Care este impactul genomic al CNV asupra expresiei genelor?
  • Ce rol a jucat variația numărului de copii în evoluția umană recentă?
  • Creșterea cunoștințelor medicale și științifice despre microdeleții/duplicări cromozomiale
  • Îmbunătățirea asistenței medicale și a sfaturilor genetice pentru persoanele/familiile cu dezechilibru cromozomial submicroscopic
  • Facilitarea cercetării în studiul genelor care afectează dezvoltarea și sănătatea umană

Variante de număr de copii la scară largă (CNV): Distribuția la subiecții normali și analiza qPCR FISH/în timp real.
Ying Qiao, Xudong Liu, Chansonette Harvard, Sarah L Nolin, W Ted Brown, Maryam Koochek, Jeanette JA Holden, ME Suzanne Lewis și Evica Rajcan-Separovic
BMC Genomics 2007, 8: 167-177

Variația globală a numărului de copii în genomul uman.
Richard Redon, Shumpei Ishikawa, Karen R. Fitch, Lars Feuk, George H. Perry, T. Daniel Andrews, Heike Fiegler, Michael H. Shapero, Andrew R. Carson, Wenwei Chen4, Eun Kyung Cho, Stephanie Dallaire, Jennifer L. Freeman, Juan R. Gonzalez, Monica Gratacos, Jing Huang, Dimitrios Kalaitzopoulos, Daisuke Komura, Jeffrey R. MacDonald, Christian R. Marshall, Rui Mei, Lyndal Montgomery, Kunihiro Nishimura, Kohji Okamura, Fan Shen, Martin J. Somerville, Joelle Tchinda, Armand Valsesia, Cara Woodwark, Fengtang Yang, Junjun Zhang, Tatiana Zerjal, Jane Zhang, Lluis Armengol, Donald F. Conrad, Xavier Estivill, Chris Tyler-Smith, Nigel P. Carter, Hiroyuki Aburatani, Charles Lee, Keith W. Jones, Stephen W. Scherer și Matthew E. Hurles
Nature (2006) Vol. 444. 444-454

Variația și evoluția numărului de copii la oameni și cimpanzei.
Perry GH, Yang F, Marques-Bonet T, Murphy C, Fitzgerald T, Lee AS, Hyland C, Stone AC, Hurles ME, Tyler-Smith C, Eichler EE, Carter NP, Lee C, Redon R.
Genom Res. 2008 18(11): 1698-1710

Detectarea simultană a mutațiilor și a variației numărului de copii (CNV) prin secvențierea GS-FLX bazată pe PCR multiplex.
Goossens D, Moens LN, Nelis E, Lenaerts AS, Glassee W, Kalbe A, Frey B, Kopal G, De Jonghe P, De Rijk P, Del-Favero J.
Hum Mutat. 2009 30(3): 472-476

Analiza la nivelul genomului a variației izoformei transcripției la om.
Kwan T, Benovoy D, Dias C, Gurd S, Provencher C, Beaulieu P, Hudson TJ, Sladek R, Majewski J.
Nat Genet. 2008 40(2): 225-231.

Estimarea numărului de copiere a transcripției folosind o micromatrice de oligonucleotide a genomului întreg de șoarece.
Mark G Carter, Alexei A Sharov, Vincent VanBuren, Dawood B Dudekula, Condie E Carmack, Charlie Nelson și Minoru S H Ko
Genome Biology 2005, 6:R61

Studiul de variație a numărului de copii la nivelul genomului a identificat o genă de susceptibilitate, UGT2B17, pentru osteoporoză.
Yang TL, Chen XD, Guo Y, Lei SF, Wang JT, Zhou Q, Pan F, Chen Y, Zhang ZX, Dong SS, Xu XH, Yan H, Liu X, Qiu C, Zhu XZ, Chen T, Li M , Zhang H, Zhang L, Drees BM, Hamilton JJ, Papasian CJ, Recker RR, Song XP, Cheng J, Deng HW.
Am J Hum Genet. 2008 83(6): 663-674

Genotiparea variației numărului de copii a delețiilor genelor GSTT1 și GSTM1 prin PCR în timp real.
Rose-Zerilli MJ, Barton SJ, Henderson AJ, Shaheen SO, Holloway JW.
Clin Chem. 2009 55(9): 1680-1685

Instrumente statistice pentru estimarea numărului de copii transgene bazate pe PCR în timp real.
Joshua S Yuan, Jason Burris, Nathan R Stewart, Ayalew Mentewab și C Neal Stewart
BMC Bioinformatics 2007, 8(): S6

Variația numărului de copii devine clinică.
Un raport de întâlnire
Le Caignec C, Redon R.
Genom Biol. 200910(1): 301-303

Variația numărului de copii: noi perspective asupra diversității genomului.
Jennifer L. Freeman, George H. Perry, Lars Feuk, Richard Redon, Steven A. McCarroll, David M. Altshuler, Hiroyuki Aburatani, Keith W. Jones, Chris Tyler-Smith, Matthew E. Hurles, Nigel P. Carter, Stephen W. Scherer și Charles Lee
Genome Research (2006) 16:949�

PCR cantitativă în timp real ca alternativă la Southern Blot sau hibridizarea in situ prin fluorescență pentru detectarea modificărilor numărului de copii ale genelor.
Jasmien Hoebeeck, Frank Speleman și Jo Vandesompele
Methods in Molecular Biology, voi. 353: 205-226
Protocols for Nucleic Acid Analysis by Nonradioactive Probes, Ediția a doua Editat de: E. Hilario și J. Mackay

O metodă precisă pentru cuantificarea și analizarea variației numărului de copii în KIT porcin printr-un test de ligatură a oligonucleotidelor.
Bo-Young Seo, Eung-Woo Park, Sung-Jin Ahn, Sang-Ho, Jae-Hwan Kim, Hyun-Tae Im, Jun-Heon Lee, In-Cheol Cho, Il-Keun Kong și Jin-Tae Jeon
BMC Genetics (2007) 8:81

Polimorfismul numărului de copii la scară largă în genomul uman.
Jonathan Sebat, B. Lakshmi, Jennifer Troge, Joan Alexander, Janet Young, Par Lundin, Susanne Maner, Hillary Massa, Megan Walker, Maoyen Chi, Nicholas Navin, Robert Lucito, John Healy, James Hicks, Kenny Ye, Andrew Reiner, T. Conrad Gilliam, Barbara Trask, Nick Patterson, Anders Zetterberg, Michael Wigler
ŞTIINŢA (2004) VOL 305 525-528

Detectare precisă și fiabilă de mare debit a variației numărului de copii în genomul uman.
Heike Fiegler, Richard Redon, Dan Andrews, Carol Scott, Robert Andrews, Carol Carder, Richard Clark, Oliver Dovey, Peter Ellis, Lars Feuk, Lisa French, Paul Hunt, 1 Dimitrios Kalaitzopoulos, James Larkin, Lyndal Montgomery, George H. Perry, Bob W. Plumb, Keith Porter, Rachel E. Rigby, Diane Rigler, Armand Valsesia, Cordelia Langford, Sean J. Humphray, Stephen W. Scherer, Charles Lee, Matthew E. Hurles și Nigel P. Carter
Genome Research (2006) 16:1566�

Detectarea variațiilor la scară largă în genomul uman.
A John Iafrate, Lars Feuk, Miguel N Rivera, Marc L Listewnik, Patricia K Donahoe, Ying Qi, Stephen W Scherer și Charles Lee
GENETICA NATURII (2004) VOLUMUL 36 NUMĂRUL 9 949-951

Comparația ansamblului genomului identifică variante structurale în genomul uman.
Razi Khaja, Junjun Zhang, Jeffrey R MacDonald, Yongshu He, Ann M Joseph-George, John Wei, Muhammad A Rafiq, Cheng Qian, Mary Shago, Lorena Pantano, Hiroyuki Aburatani, Keith Jones, Richard Redon, Matthew Hurles, Lluis Armengol, Xavier Estivill, Richard J Mural, Charles Lee, Stephen W Scherer și Lars Feuk
GENETICA NATURII (2006) VOLUMUL 38 NUMĂRUL 12 1413-1418

Sinteza ARNm stocastică în celulele de mamifere.
Arjun Raj, Charles S. Peskin, Daniel Tranchina, Diana Y. Vargas, Sanjay Tyagi
PLOS (2006) Volumul 4 Numărul 10 e309


Discutii si concluzii

Rezultatele noastre stabilesc un cadru statistic scalabil pentru atribuirea celulelor măsurate folosind scRNA-seq la clonele de cancer măsurate independent folosind scDNA-seq. Ne așteptăm că această abordare poate fi utilizată omniprezent în domeniul biologiei unicelulare, inclusiv extensii pentru alte abordări multimodale, cum ar fi metilarea-transcripție și accesibilitatea-transcripția cromatinei.

Cu toate acestea, există anumite situații în care clonealign nu poate fi aplicat. În timp ce se estimează că 60-80% dintre cancere prezintă rearanjamentele genomice structurale complexe necesare pentru aplicarea clonalignului [26, 27], unele tipuri de cancer au genom inactiv și sunt lipsite de modificări ale numărului de copii. De exemplu, cancerele precum AML cariotipic normale, sarcoamele și alte afecțiuni maligne pediatrice fără instabilitate genomică nu ar genera semnalele genomice/transcriptomice modelate de clonealign [28].

În plus, accentul acestei lucrări a fost pe legarea măsurătorilor transcripționale la clone definite genomic presupunând doar un efect de dozare a numărului de copii asupra abundenței transcriptelor. În timp ce modelul clonealign permite integrarea informațiilor de dezechilibru alelic cauzate de evenimentele LOH specifice clonei, expresia rară a variantelor heterozigote ale liniei germinale detectate de testul 10X crom 3′ demonstrat aici face ca aceste informații să nu fie informative (Fișier suplimentar 2: Secțiunea 3 a textului suplimentar) . Cu toate acestea, tehnologiile de secvențiere a ARN-ului unicelular cu lungimea completă a transcripției, cum ar fi Smart-seq2 [29], ar permite o rafinare suplimentară a atribuirii clonale și ar reprezenta cazul de utilizare adecvat al încorporării de către clonealign a informațiilor de dezechilibru alelic.

Cu toate acestea, conceptele introduse în modelul clonealign oferă o bază pentru studii viitoare de integrare a datelor genomice din testele eșantionate independent. La marginea câmpului, măsurătorile rare in situ ale transcripției integrate cu eșantionarea dezagregată independentă a genomului unicelular oferă o cale pentru studierea contextului spațial al populațiilor celulare co-locate [30]. În cele din urmă, există o apariție a platformelor comerciale prin care testele unicelulare, bazate pe truse pentru metilare, transcripție și numărul de copii ale genomului devin disponibile pe scară largă pentru comunitatea de cercetare. În toate aceste setări, clonealign și derivatele viitoare vor oferi un cadru statistic pentru a ajuta la interpretarea constituenților celulari ai cancerului, fitness-ul și fenotipurile lor.


Referințe

O genă nouă care conține o repetare trinucleotidă care este extinsă și instabilă pe cromozomii bolii Huntington. Grupul de cercetare colaborativă pentru boala lui Huntington. Celulă. 1993, 72: 971-983. 10.1016/0092-8674(93)90585-E.

Verkerk AJ, Pieretti M, Sutcliffe JS, Fu YH, Kuhl DP, Pizzuti A, Reiner O, Richards S, Victoria MF, Zhang FP și colab.: Identificarea unei gene (FMR-1) care conține o repetare CGG care coincide cu un punct de întrerupere regiunea cluster care prezintă variații de lungime în sindromul X fragil. Celulă. 1991, 65: 905-914. 10.1016/0092-8674(91)90397-H.

Hui J, Stangl K, Lane WS, Bindereif A: HnRNP L stimulează splicing-ul genei eNOS prin legarea de repetări CA de lungime variabilă. Nat Struct Biol. 2003, 10: 33-37. 10.1038/nsb875.

Gebhardt F, Zanker KS, Brandt B: Modularea transcripției genei receptorului factorului de creștere epidermic printr-o repetare de dinucleotidă polimorfă în intronul 1. J Biol Chem. 1999, 274: 13176-13180. 10.1074/jbc.274.19.13176.

Jeffreys AJ, Royle NJ, Wilson V, Wong Z: Rate de mutație spontană la alelele de lungime nouă la loci hipervariabili repetitivi în tandem în ADN-ul uman. Natură. 1988, 332: 278-281. 10.1038/332278a0.

Jakupciak JP, Wells RD: Instabilitățile genetice în repetările (CTG.CAG) apar prin recombinare. J Biol Chem. 1999, 274: 23468-23479. 10.1074/jbc.274.33.23468.

Richard GF, Dujon B, Haber JE: Repararea ruperii duble catenelor poate duce la frecvențe înalte de deleții în repetări scurte de trinucleotide CAG/CTG. Mol Gen Genet. 1999, 261: 871-882. 10.1007/s004380050031.

La Spada AR, Wilson EM, Lubahn DB, Harding AE, Fischbeck KH: Mutații ale genei receptorilor de androgeni în atrofia musculară spinală și bulbară legată de X. Natură. 1991, 352: 77-79. 10.1038/352077a0.

Sutherland GR, Richards RI: Repetări simple de ADN în tandem și boală genetică umană. Proc Natl Acad Sci USA. 1995, 92: 3636-3641.

Kenny D, Muckian C, Fitzgerald DJ, Cannon CP, Shields DC: Polimorfisme ale receptorilor alfa de glicoproteina plachetară Ib și evenimente ischemice recurente la pacienții cu sindrom coronarian acut. J Tromboliza Trombolului. 2002, 13: 13-19. 10.1023/A:1015307823578.

Holmer SR, Hengstenberg C, Kraft HG, Mayer B, Poll M, Kurzinger S, Fischer M, Lowel H, Klein G, Riegger GA, Schunkert H: Asocierea polimorfismelor genei apolipoproteinei (a) cu nivelurile de lipoproteine ​​(a) și infarct miocardic. Circulaţie. 2003, 107: 696-701. 10.1161/01.CIR.0000048125.79640.77.

Bugert P, Hoffmann MM, Winkelmann BR, Vosberg M, Jahn J, Entelmann M, Katus HA, Marz W, Mansmann U, Boehm BO și colab: The variable number of tandem repeat polymorphism in the P-selectin glycoprotein ligand-1 gene nu este asociat cu boala coronariană. J Mol Med. 2003, 81: 495-501. 10.1007/s00109-003-0459-2.

Fondon JW, Mele GM, Brezinschek RI, Cummings D, Pande A, Wren J, O'Brien KM, Kupfer KC, Wei MH, Lerman M, et al: Computerized polymorphic marker identification: experimental validation and a predicted human polymorphism catalog. Proc Natl Acad Sci USA. 1998, 95: 7514-7519. 10.1073/pnas.95.13.7514.

Wren JD, Forgacs E, Fondon JW, Pertsemlidis A, Cheng SY, Gallardo T, Williams RS, Shohet RV, Minna JD, Garner HR: Polimorfisme repetate în regiunile genelor: implicații fenotipice și evolutive. Am J Hum Genet. 2000, 67: 345-356. 10.1086/303013.

Schuler GD, Boguski MS, Stewart EA, Stein LD, Gyapay G, Rice K, White RE, Rodriguez-Tome P, Aggarwal A, Bajorek E și colab.: O hartă genică a genomului uman.Ştiinţă. 1996, 274: 540-546. 10.1126/stiinta.274.5287.540.

Denoeud F, Vergnaud G, Benson G: Predicția polimorfismului minisatelit uman. Genom Res. 2003, 13: 856-867. 10.1101/gr.574403.

Naslund K, Saetre P, von Salome J, Bergstrom TF, Jareborg N, Jazin E: Predicția la nivel de genom a VNTR-urilor umane. Genomica. 2005, 85: 24-35. 10.1016/j.ygeno.2004.10.009.

Denoeud F, Vergnaud G: Identificarea repetițiilor polimorfe în tandem prin compararea directă a secvenței genomului de la diferite tulpini bacteriene: o resursă bazată pe web. BMC Bioinformatica. 2004, 5: 4-10.1186/1471-2105-5-4.

Jordon P, Snyder LA, Saunders NJ: Diversitatea în codificarea repetăților în tandem înrudite Neisseria spp. BMC Microbiol. 2003, 3: 23-10.1186/1471-2180-3-23.

Sylvestre P, Couture-Tosi E, Mock M: Polimorfismul în regiunea asemănătoare colagenului a proteinei Bacillus anthracis BclA duce la variația lungimii filamentului exosporium. J Bacteriol. 2003, 185: 1555-1563. 10.1128/JB.185.5.1555-1563.2003.

van Belkum A, Scherer S, van Alphen L, Verbrugh H: Se repetă ADN cu secvență scurtă în genomii procarioți. Microbiol Mol Biol Rev. 1998, 62: 275-293.

Li YC, Korol AB, Fahima T, Nevo E: Microsateliți în gene: structură, funcție și evoluție. Mol Biol Evol. 2004, 21: 991-1007. 10.1093/molbev/msh073.

Murphy PM: Mimetismul molecular și generarea diversității proteinelor de apărare a gazdei. Celulă. 1993, 72: 823-826. 10.1016/0092-8674(93)90571-7.

Shields DC, Harmon DL, Whitehead AS: Evoluția liganzilor hemopoietici și a receptorilor lor. Influența selecției pozitive asupra înlocuirilor corelate în proteinele ligand și receptor. J Immunol. 1996, 156: 1062-1070.

Metzgar D, Bytof J, Wills C: Selecția împotriva mutațiilor frameshift limitează expansiunea microsateliților în codificarea ADN-ului. Genom Res. 2000, 10: 72-80.

Dokholyan NV, Buldyrev SV, Havlin S, Stanley HE: Distribuțiile repetăților în tandem dimerice în secvențe ADN noncoding și codificante. J Theor Biol. 2000, 202: 273-282. 10.1006/jtbi.1999.1052.

Subramanian S, Mishra RK, Singh L: Analiza la nivel de genom a repetărilor microsateliților la oameni: abundența și densitatea lor în regiuni genomice specifice. Genom Biol. 2003, 4: R13-10.1186/gb-2003-4-2-r13.

Chang FM, Kidd JR, Livak KJ, Pakstis AJ, Kidd KK: Distribuția la nivel mondial a frecvențelor alelelor la locusul receptorului D4 al dopaminei umane. Hum Genet. 1996, 98: 91-101. 10.1007/s004390050166.

Afshar-Kharghan V, Diz-Kucukkaya R, Ludwig EH, Marian AJ, Lopez JA: Polimorfismul uman al ligandului 1 al glicoproteinei P-selectină atribuit unui număr variabil de repetări decamerice tandem în regiunea mucinlike. Sânge. 2001, 97: 3306-3307. 10.1182/sânge.V97.10.3306.

Toribara NW, Gum JR, Culhane PJ, Lagace RE, Hicks JW, Petersen GM, Kim YS: MUC-2 structura genei mucinei intestinale subțiri umane. Matrice repetate și polimorfism. J Clin Invest. 1991, 88: 1005-1013.

Muckian C, Hillmann A, Kenny D, Shields DC: O variantă nouă a regiunii macroglicopeptidei glicoproteinei plachetare Ibafa nu are nicio copie a repetării „perfecte” de 13 aminoacizi. Tromb Haemost. 2000, 83: 513-514.

Matsuyama Z, Kawakami H, Maruyama H, Izumi Y, Komure O, Udaka F, Kameyama M, Nishio T, Kuroda Y, Nishimura M, Nakamura S: Molecular features of the CAG repeats of spinocerebelar ataxia 6 (SCA6). Hum Mol Genet. 1997, 6: 1283-1287. 10,1093/hmg/6,8,1283.

Koide R, Kobayashi S, Shimohata T, Ikeuchi T, Maruyama M, Saito M, Yamada M, Takahashi H, Tsuji S: O boală neurologică cauzată de o repetare extinsă a trinucleotidei CAG în gena proteinei care leagă TATA: o nouă boală de poliglutamină? . Hum Mol Genet. 1999, 8: 2047-2053. 10,1093/hmg/8.11.2047.

Zuhlke C, Hellenbroich Y, Dalski A, Kononowa N, Hagenah J, Vieregge P, Riess O, Klein C, Schwinger E: Diferite tipuri de expansiune repetă în gena proteinei care leagă TATA sunt asociate cu o nouă formă de ataxie moștenită. Eur J Hum Genet. 2001, 9: 160-164. 10.1038/sj.ejhg.5200617.

Dean M, Park M, Le Beau MM, Robins TS, Diaz MO, Rowley JD, Blair DG, Vande Woude GF: Oncogenele umane întâlnite sunt legate de oncogenele tirozin kinazei. Natură. 1985, 318: 385-388. 10.1038/318385a0.

Stenson PD, Ball EV, Mort M, Phillips AD, Shiel JA, Thomas NS, Abeysinghe S, Krawczak M, Cooper DN: Human Gene Mutation Database (HGMD): actualizare 2003. Hum Mutat. 2003, 21: 577-581. 10.1002/humu.10212.

Hamosh A, Scott AF, Amberger JS, Bocchini CA, McKusick VA: Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), o bază de cunoștințe despre genele umane și tulburările genetice. Acizi nucleici Res. 2005, 33 (Numărul bazei de date): D514-D517. 10.1093/nar/gki033.

Letovsky SI, Cottingham RW, Porter CJ, Li PW: GDB: Baza de date a genomului uman. Acizi nucleici Res. 1998, 26: 94-99. 10.1093/nar/26.1.94.

Charmley P, Concannon P, Hood L, Rowen L: Frecvența și polimorfismul repetăților simple ale secvenței într-o secvență ADN adiacentă de 685 kb care conține complexul genic al lanțului beta al receptorului de celule T umane. Genomica. 1995, 29: 760-765. 10.1006/geno.1995.9940.

Kimmel M, Chakraborty R, Stivers DN, Deka R: Dinamica polimorfismelor repetate sub un model de mutație înainte-înapoi: variabilitatea în interiorul și între populație la loci microsateliți. Genetica. 1996, 143: 549-555.

Ota T, Kimura M: Un model de mutație adecvat pentru a estima numărul de alele detectabile electroforetic într-o populație finită. Genet Res. 1973, 22: 201-204.

Schlotterer C, Tautz D: Sinteza alunecării de ADN cu secvență simplă. Acizi nucleici Res. 1992, 20: 211-215.

Weber JL: Informativitatea polimorfismelor umane (dC-dA)n.(dG-dT)n. Genomica. 1990, 7: 524-530. 10.1016/0888-7543(90)90195-Z.

Kunst CB, Leeflang EP, Iber JC, Arnheim N, Warren ST: Efectul întreruperilor repetate ale FMR1 CGG asupra frecvenței mutațiilor măsurate prin tiparea spermatozoizilor. J Med Genet. 1997, 34: 627-631.

Hubbard T, Andrews D, Caccamo M, Cameron G, Chen Y, Clamp M, Clarke L, Coates G, Cox T, Cunningham F, et al: Ensembl 2005. Nucleic Acids Res. 2005, 33 (Numărul bazei de date): D447-D453. 10.1093/nar/gki138.

Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA: Proteinele umane Upf vizează un ARNm pentru dezintegrarea mediată de nonsens atunci când sunt legate în aval de un codon de terminare. Celulă. 2000, 103: 1121-1131. 10.1016/S0092-8674(00)00214-2.

Hughes AL, Packer B, Welch R, Bergen AW, Chanock SJ, Yeager M: Selecție de purificare larg răspândită la locurile polimorfe în loci care codifică proteinele umane. Proc Natl Acad Sci USA. 2003, 100: 15754-15757. 10.1073/pnas.2536718100.

van Den Hurk WH, Willems HJ, Bloemen M, Martens GJ: Mutații noi de deplasare a cadrelor în apropierea repetărilor scurte și simple. J Biol Chem. 2001, 276: 11496-11498. 10.1074/jbc.M011040200.

Karlin S, Burge C: Repetări trinucleotidice și homopeptide lungi în gene și proteine ​​asociate cu bolile și dezvoltarea sistemului nervos. Proc Natl Acad Sci USA. 1996, 93: 1560-1565. 10.1073/pnas.93.4.1560.

Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT și colab: Gene ontology: tool for the unification of biology. Consorțiul de ontologie genetică. Nat Genet. 2000, 25: 25-29. 10.1038/75556.

Hancock JM, Simon M: Secvența simplă se repetă în proteine ​​și semnificația lor pentru evoluția rețelei. Gene. 2005, 345: 113-118. 10.1016/j.gene.2004.11.023.

Hancock JM, Worthey EA, Santibanez-Koref MF: Un rol pentru selecție în reglarea apariției evolutive a repetărilor CAG care cauzează boli și alte codificări la oameni și șoareci. Mol Biol Evol. 2001, 18: 1014-1023.

Alba MM, Laskowski RA, Hancock JM: Detectarea secvențelor de proteine ​​​​criptic simple folosind algoritmul SIMPLE. Bioinformatica. 2002, 18: 672-678. 10.1093/bioinformatica/18.5.672.

Koide R, Ikeuchi T, Onodera O, Tanaka H, ​​Igarashi S, Endo K, Takahashi H, Kondo R, Ishikawa A, Hayashi T și colab: Expansiunea instabilă a repetiției CAG în atrofia dentatorubral-pallidoluysian ereditară (DRPLA). Nat Genet. 1994, 6: 9-13. 10.1038/ng0194-9.

Kennedy WR, Alter M, Sung JH: Atrofie progresivă a coloanei vertebrale și bulbare proximale cu debut tardiv. O trăsătură recesivă legată de sex. Neurologie. 1968, 18: 671-680.

Hamada H, Seidman M, Howard BH, Gorman CM: Expresia genică îmbunătățită prin secvența poli(dT-dG).poli (dC-dA). Mol Cell Biol. 1984, 4: 2622-2630.

Lu Q, Wallrath LL, Granok H, Elgin SC: repetițiile (CT)n (GA)n și elementele de șoc termic au roluri distincte în structura cromatinei și activarea transcripțională a Drosophila hsp26 gena. Mol Cell Biol. 1993, 13: 2802-2814.

Yee HA, Wong AK, van de Sande JH, Rattner JB: Identificarea proteinelor noi de legare a d(TC)n monocatenar la mai multe specii de mamifere. Acizi nucleici Res. 1991, 19: 949-953.

Richards RI, Holman K, Yu S, Sutherland GR: Elementul instabil al sindromului X fragil, p(CCG)n și alte secvențe simple repetate în tandem sunt locuri de legare pentru proteine ​​nucleare specifice. Hum Mol Genet. 1993, 2: 1429-1435.

Colafranceschi M, Colosimo A, Zbilut JP, Uversky VN, Giuliani A: Singularități statistice legate de structură de-a lungul secvențelor de proteine: un studiu de corelație. J Chem Inf Model. 2005, 45: 183-189.

Fondon JW, Garner HR: Originile moleculare ale evoluției morfologice rapide și continue. Proc Natl Acad Sci USA. 2004, 101: 18058-18063. 10.1073/pnas.0408118101.

Armitage P, Berry G: Metode statistice în cercetarea medicală. 1994, Oxford, Marea Britanie: Blackwell Science, 3

Day IN, Alharbi KK, Smith M, Aldahmesh MA, Chen X, Lotery AJ, Pante-de-Sousa G, Hou G, Ye S, Eccles D și colab.: Alele paucimorfe versus alele polimorfe și mutații rare în cauzalitatea bolii: teorie , observare și detectare. Curr Genomica. 2004, 5: 431-438. 10.2174/1389202043349156.

Skrabanek L, Campagne F: TissueInfo: identificarea de înaltă performanță a profilurilor și specificității expresiei tisulare. Acizi nucleici Res. 2001, 29: E102-10.1093/nar/29.21.e102.

Benson G: Tandem repeats finder: un program pentru analiza secvențelor ADN. Acizi nucleici Res. 1999, 27: 573-580. 10.1093/nar/27.2.573.

Weber JL, David D, Heil J, Fan Y, Zhao C, Marth G: Polimorfisme de inserție/ștergere dialelice umane. Am J Hum Genet. 2002, 71: 854-862. 10.1086/342727.

Weir BS: Analiza datelor genetice II: Metode pentru date genetice ale populației discrete. 1996, Sunderland, MA: Sinauer, 2


Disponibilitatea datelor și materialelor

Adunarea Ler genomul a fost transmis Arhivei Europene de Nucleotide (http://www.ebi.ac.uk) și este disponibil public sub numărul de acces GCA_900660825 [56]. Citirile sunt disponibile ca parte a unui studiu separat sub ID-ul proiectului PRJEB31147 (preprint [46]). Toate celelalte ansambluri sunt disponibile public la NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), iar numerele lor de acces sunt GCA_000001735.3 [57], GCA_000001405.27 [25], GCA_002077035.3 [22] , GCA_001524155.4 [22], GCA_000146045.2 [27], GCA_000977955.2 [26], GCA_000001215.4 [29], GCA_002300595.1 [200977955.2 [28], 200977955.2 [28], 605_03001215.4 [29], GCA_002300595.1 [28], 200977955.1 [28], 605_03] . Mai multe detalii despre ansambluri sunt în Fișierul suplimentar 2: Tabelul S1. Fișiere BAM pentru 50 F2 Genomii recombinați sunt disponibili la Arhiva Europeană de Nucleotide sub ID-ul proiectului PRJEB29265 [33]. SyRI este disponibil gratuit sub licența MIT și este disponibil online [58]. Versiunea SyRI utilizată în această lucrare este disponibilă la doi.org/10.5281/zenodo.3555197 [59]. SyRI este dezvoltat folosind Python3.5 pe Linux și poate rula și pe alte sisteme de operare.


Variație extinsă a numărului de copii a genelor tinere în cadrul populațiilor de spinici

Genele duplicate apar ca variații ale numărului de copii (CNV) la nivel de populație și rămân polimorfe ale numărului de copii până când sunt fixate sau pierdute. Stabilirea cu succes a unor astfel de polimorfisme structurale în genom joacă un rol important în evoluție prin promovarea diversității genetice, complexității și inovației. Pentru a caracteriza etapele evolutive timpurii ale genelor duplicate și potențialele beneficii adaptative ale acestora, combinăm genomica comparativă cu analizele genomicei populației pentru a evalua distribuția și impactul CNV-urilor în populațiile naturale ale unui model eco-genomic, spiniculul cu trei spine. Cu secvențe întregi de genom de 66 de indivizi din populații care locuiesc în trei habitate distincte, constatăm că CNV-urile apar în general la frecvențe joase și sunt adesea găsite doar într-una dintre cele 11 populații chestionate. Un subset de CNV, totuși, afișează diferențierea numărului de copii între populații, arătând frecvențe ridicate în interiorul populației, în concordanță cu adaptarea locală. Prin compararea genomilor de teleost pentru a identifica genele specifice liniei și dublările în spinare, evidențiem diferențele rampante de conținut de gene între indivizi la care peste 30% dintre genele duplicate tinere sunt CNV. Aceste gene CNV evoluează rapid la nivel molecular și sunt îmbogățite cu categorii funcționale asociate cu interacțiunile cu mediul înconjurător, ilustrând etapa polimorfă dinamică timpurie a numărului de copii a genelor în timpul diferențierii populației.

Declarație de conflict de interese

Autorii au declarat că nu există interese concurente.

Cifre

Figura 1. Relații filogenomice între probe.

Figura 1. Relații filogenomice între probe.

( A ) Rețeaua filogenomică a celor 66 de genomi...

Figura 2. Frecvența și apariția CNV-urilor...

Figura 2. Frecvența și apariția CNV la indivizi și populații.

Figura 3. Proporțiile CNV în regiunile genomice...

Figura 3. Proporțiile CNV în regiunile genomice și deleții homozigote.


Adeniyi-Jones, S. şi Zasloff, M. (1985). Transcrierea, procesarea și transportul nuclear al unei specii de ARN B1 Alu complementare unui intron al genei alfa-fetoproteinei murine. Natură 317, 81�. doi: 10.1038/317081a0

Affara, N. I. și Coussens, L. M. (2007). IKKalpha la răscrucea inflamației și metastazelor. Celulă 129, 25�. doi: 10.1016/j.cell.2007.03.029

Afridi, A. K. și Alam, K. (2004). Prevalența și etiologia obezității–o privire de ansamblu. Pak. J. Nutr. 3, 14�. doi: 10.3923/pjn.2004.14.25

Akkad, A., Hastings, R., Konje, J. C., Bell, S. C., Thurston, H. și Williams, B. (2006). Lungimea telomerelor la copiii mici pentru vârsta gestațională. BJOG Int. J. Obstet. Ginecol. 113, 318�. doi: 10.1111/j.1471-0528.2005.00839.x

Ambati, J., Magagnoli, J., Leung, H. și Wang, S. B. (2020). Reutilizarea NRTI antiinflamazomilor pentru îmbunătățirea sensibilității la insulină și reducerea dezvoltării diabetului de tip 2. Nat. comun. 11:4737. doi: 10.1038/s41467-020-18528-z

Aoki, K., Suzuki, K., Sugano, T., Tasaka, T., Nakahara, K., Kuge, O., et al. (1995). O genă nouă, Translin, codifică o proteină de legare a punctului fierbinte de recombinare asociată cu translocațiile cromozomiale. Nat. Genet. 10, 167�. doi: 10.1038/ng0695-167

Armes, J. E., Trute, L., White, D., Southey, M. C., Hammet, F., Tesoriero, A. și colab. (1999). Patogeneze moleculare distincte ale cancerelor de sân cu debut precoce la purtătorii de mutații BRCA1 și BRCA2: un studiu bazat pe populație. Cancer Res. 59, 2011�.

Belancio, V. P., Hedges, D. J. și Deininger, P. (2006). Îmbinarea ARN-ului LINE-1 și influențele asupra expresiei genelor la mamifere. Acizi nucleici Res. 34, 1512�. doi: 10.1093/nar/gkl027

Belancio, V. P., Roy-Engel, A. M., Pochampally, R. R. și Deininger, P. (2010). Expresia somatică a elementelor LINE-1 în țesuturile umane. Acizi nucleici Res. 38, 3909�. doi: 10.1093/nar/gkq132

Bell, M. V., Hirst, M. C., Nakahori, Y., MacKinnon, R. N., Roche, A., Flint, T. J. și colab. (1991). Cartografierea fizică a X-ului fragil: hipermetilarea și expresia clinică a sindromului X fragil. Celulă 64, 861�. doi: 10.1016/0092-8674(91)90514-Y

Bergsagel, D. E. și Valeriote, F. A. (1968). Caracteristicile de creștere ale unei tumori plasmatice de șoarece. Cancer Res. 28, 2187�.

Bewick, A. J., Hofmeister, B. T., Powers, R. A., Mondo, S. J. și Grigoriev, I. V. (2019). Diversitatea metilării citozinei în arborele fungic al vieții. Nat. Ecol. Eol. 3, 479�. doi: 10.1038/s41559-019-0810-9

Bewick, A. J., Vogel, K. J., Moore, A. J. și Schmitz, R. J. (2017). Evoluția metilării ADN-ului între insecte. Mol. Biol. Evol. 34, 654�. doi: 10.1093/molbev/msx067

Bhavadharini, B. și Mohan, V. (2020). Aportul de orez alb și diabet zaharat incident: un studiu pe 132.373 de participanți din 21 de țări. Îngrijirea diabetului 43, 2643�. doi: 10.2337/dc19-2335

Bollati, V., Schwartz, J., Wright, R., Litonjua, A., Tarantini, L., Suh, H., et al. (2009). Scăderea metilării ADN-ului genomic prin îmbătrânire într-o cohortă de subiecți în vârstă. Mech. Îmbătrânire Dev. 130, 234�. doi: 10.1016/j.mad.2008.12.003

Bonnet, D. și Dick, J. E. (1997). Leucemia mieloidă acută umană este organizată ca o ierarhie care provine dintr-o celulă hematopoietică primitivă. Nat. Med. 3, 730�. doi: 10.1038/nm0797-730

Bonney, P. A., Boettcher, L. B., Krysiak, R. S. III, Fung, K. M. și Sughrue, M. E. (2015). Histologie și aspecte moleculare ale neurocitomului central. Neurochirurgie. Clin. N. Am. 26, 21�. doi: 10.1016/j.nec.2014.09.001

Bostick, M., Kim, J. K., Estève, P. O., Clark, A., Pradhan, S. și Jacobsen, S. E. (2007). UHRF1 joacă un rol în menținerea metilării ADN-ului în celulele de mamifere. Ştiinţă 317, 1760�. doi: 10.1126/science.1147939

Brannan, K., Kim, H., Erickson, B., Glover-Cutter, K., Kim, S., Fong, N. și colab. (2012). Factorii de decapare a ARNm și exonucleaza Xrn2 funcționează în terminarea prematură pe scară largă a transcripției ARN polimerazei II. Mol. Celulă 46, 311�. doi: 10.1016/j.molcel.2012.03.006

Bruce, W.R. şi Van Der Gaag, H. (1963). Un test cantitativ pentru numărul de celule de limfom murin capabile de proliferare in vivo. Natură 199, 79�. doi: 10.1038/199079a0

Burnette, J. M., Miyamoto-Sato, E., Schaub, M. A., Conklin, J. și Lopez, A. J. (2005). Subdiviziunea intronilor mari în Drosophila prin splicing recursiv la elemente nonexonice. Genetica 170, 661�. doi: 10.1534/genetics.104.039701

Cartwright, R., Tambini, C. E., Simpson, P. J. și Thacker, J. (1998). Gena de reparare a ADN-ului XRCC2 de la om și șoarece codifică un nou membru al familiei recA/RAD51. Acizi nucleici Res. 26, 3084�. doi: 10.1093/nar/26.13.3084

Catania, S., Dumesic, P. A., Pimentel, H., Nasif, A., Stoddard, C. I., Burke, J. E., et al. (2020). Persistența evolutivă a metilării ADN-ului timp de milioane de ani după pierderea antică a a de novo metiltransferaza. Celulă 180, 263�.e220. doi: 10.1016/j.cell.2019.12.012

Chang, E. și Harley, C. B. (1995). Lungimea telomerelor și îmbătrânirea replicativă în țesuturile vasculare umane. Proc. Natl. Acad. Sci. STATELE UNITE ALE AMERICII. 92, 11190�. doi: 10.1073/pnas.92.24.11190

Chatterjee, A., Ozaki, Y., Stockwell, P. A., Horsfield, J. A., Morison, I. M. și Nakagawa, S. (2013). Cartografierea metilomului creierului de pește-zebră folosind secvențierea bisulfitului cu reprezentare redusă. Epigenetica 8, 979�. doi: 10.4161/epi.25797

Cherif, H., Tarry, J. L., Ozanne, S. E. și Hales, C. N. (2003). Îmbătrânirea și telomerii: un studiu asupra scurtării telomerilor specifice organelor și genului. Acizi nucleici Res. 31, 1576�. doi: 10.1093/nar/gkg208

Cho, N. Y., Kim, B. H., Choi, M., Yoo, E. J., Moon, K. C., Cho, Y. M., și colab. (2007). Hipermetilarea locilor insulei CpG și hipometilarea repetărilor LINE-1 și Alu în adenocarcinomul de prostată și relația lor cu caracteristicile clinicopatologice. J. Pathol. 211, 269�. doi: 10.1002/path.2106

Chu, W. M., Liu, W. M. și Schmid, C. W. (1995). Elementele promotoare și terminatoare ale ARN polimerazei III afectează expresia ARN Alu. Acizi nucleici Res. 23, 1750�. doi: 10.1093/nar/23.10.1750

Claycomb, J. M., Benasutti, M., Bosco, G., Fenger, D. D. și Orr-Weaver, T. L. (2004). Amplificarea genelor ca strategie de dezvoltare: izolarea a doi ampliconi de dezvoltare la Drosophila. Dev. Celulă 6, 145�. doi: 10.1016/S1534-5807(03)00398-8

Cleary, J. D., Tomé, S., López Castel, A., Panigrahi, G. B., Foiry, L., Hagerman, K. A., et al. (2010). Modele de replicare a ADN-ului specifice țesutului și vârstei la locusul distrofiei miotonice umane de tip 1 extins cu CTG/CAG. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 1079�. doi: 10.1038/nsmb.1876

Cohen, S., Menut, S. şi Mຜhali, M. (1999). Formarea reglată a moleculelor de ADN circular extracromozomial în timpul dezvoltării în Xenopus laevis. Mol. Celulă. Biol. 19, 6682�. doi: 10.1128/MCB.19.10.6682

Cohen, S., Yacobi, K. și Segal, D. (2003). ADN circular extracromozomial de secvențe genomice repetate în tandem la Drosophila. Genom Res. 13, 1133�. doi: 10.1101/gr.907603

Cohn, L. B., Silva, I. T., Oliveira, T. Y., Rosales, R. A., Parrish, E. H., Learn, G. H., et al. (2015). Peisajul integrării HIV-1 în timpul infecției latente și active. Celulă 160, 420�. doi: 10.1016/j.cell.2015.01.020

Colot, V., Maloisel, L. și Rossignol, J. L. (1999). Repetări ADN și recombinare omoloagă: un rol probabil pentru metilarea ADN-ului în stabilitatea genomului celulelor eucariote. J. Soc. Biol. 193, 29� doi: 10.1051/jbio/1999193010029

Copson, E. R., Maishman, T. C., Tapper, W. J., Cutress, R. I., Greville-Heygate, S., Altman, D. G. și colab. (2018). Mutația germinativă a BRCA și rezultatul în cancerul de sân cu debut tânăr (POSH): un studiu de cohortă prospectiv. Lancet Oncol. 19, 169�. doi: 10.1016/S1470-2045(17)30891-4

Cost, G. J. și Boeke, J. D. (1998). Direcționarea integrării retrotranspozonelor umane este direcționată de specificitatea endonucleazei L1 pentru regiuni cu structură neobișnuită a ADN-ului. Biochimie 37, 18081�. doi: 10.1021/bi981858s

Cronister, A., Teicher, J., Rohlfs, E. M., Donnenfeld, A. și Hallam, S. (2008). Prevalența și instabilitatea alelelor X fragile: implicații pentru oferirea diagnosticului prenatal X fragil. Obstet. Ginecol. 111, 596�. doi: 10.1097/AOG.0b013e318163be0b

Danilevskaya, O. N., Arkhipova, I. R., Traverse, K. L. și Pardue, M. L. (1997). Promovarea în tandem: promotorul pentru transpozonul telomer HeT-A și implicațiile pentru evoluția LTR retrovirale. Celulă 88, 647�. doi: 10.1016/S0092-8674(00)81907-8

Das, S., Bonaguidi, M., Muro, K. și Kessler, J. A. (2008). Generarea de celule stem embrionare: limitări și alternative la recoltarea de masă celulară internă. Neurochirurgie. Concentrează-te 24:E4. doi: 10.3171/FOC/2008/24/3-4/E3

de Graaff, E., Willemsen, R., Zhong, N., de Die-Smulders, C. E., Brown, W. T., Freling, G. şi colab. (1995). Instabilitatea repetării CGG și expresia proteinei FMR1 la un pacient masculin X fragil cu o tumoare pulmonară. A.m. J. Hum. Genet. 57, 609�.

Deininger, P. L. și Batzer, M. A. (1999). Alu repetă și boală umană. Mol. Genet. Metab. 67, 183�. doi: 10.1006/mgme.1999.2864

Demanelis, K., Jasmine, F., Chen, L. S. și Chernoff, M. (2020). Determinanți ai lungimii telomerilor în țesuturile umane. Ştiinţă 369:eaaz6876. doi: 10.1126/science.aaz6876

Dewannieux, M., Esnault, C. și Heidmann, T. (2003). Retrotranspunerea mediată de LINE a secvențelor Alu marcate. Nat. Genet. 35, 41�. doi: 10.1038/ng1223

Dillon, L. W., Kumar, P., Shibata, Y., Wang, Y. H., Willcox, S., Griffith, J. D. şi colab. (2015). Producția de microADN extracromozomiale este legată de căile de reparare a nepotrivirii și de activitatea transcripțională. Rep celular 11, 1749�. doi: 10.1016/j.celrep.2015.05.020

Dokal, I. (2000). Diskeratoza congenita sub toate formele sale. Br. J. Haematol. 110, 768�. doi: 10.1046/j.1365-2141.2000.02109.x

Doshi, K. D., Yang, A. S., Youssef, E., Shen, L. L. și Issa, J. P. J. (2004). Modificări legate de vârstă și cancer ale metilării ADN-ului elementului Alu în colon. Cancer Res. 64.

Duan, R., Luo, S., Huang, W., Li, H., Peng, Y., Du, Q. și colab. (2016). Analiza instabilității repetate CGG în celulele germinale de la doi fetuși de sex masculin afectați de sindromul X fragil. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi 33, 606�. doi: 10.3760/cma.j.issn.1003-9406.2016.05.005

Esnault, C., Maestre, J. și Heidmann, T. (2000). Retrotranspozonii umani LINE generează pseudogene procesate. Nat. Genet. 24, 363�. doi: 10.1038/74184

Evenson, D. P., Darzynkiewicz, Z. și Melamed, M. R. (1980). Relația dintre eterogenitatea cromatinei spermatozoizilor de mamifere și fertilitatea. Ştiinţă 210, 1131�. doi: 10.1126/science.7444440

Evgeni, E., Lymberopoulos, G., Touloupidis, S. și Asimakopoulos, B. (2015). Fragmentarea ADN-ului nuclear al spermatozoizilor și asocierea acesteia cu calitatea spermei la bărbații greci. Andrologia 47, 1166�. doi: 10.1111/and.12398

Fidler, I. J. și Hart, I. R. (1982). Diversitatea biologică în neoplasmele metastatice: origini și implicații. Ştiinţă 217, 998�. doi: 10.1126/science.7112116

Fidler, I. J. și Kripke, M. L. (1977). Metastaza rezultă din celulele variante preexistente într-o tumoră malignă. Ştiinţă 197, 893�. doi: 10.1126/science.887927

Field, M., Dudding-Byth, T., Arpone, M. și Baker, E. K. (2019). ARNm FMR1 și mozaicismul crescut semnificativ pentru premutația metilată și alelele cu mutație completă la doi frați cu caracteristici de autism trimiși pentru testarea X fragil. Int. J. Mol. Sci. 20:3907. doi: 10.3390/ijms20163907

Filatov, L. V., Mamayeva, S. E. și Tomilin, N. V. (1987). Distribuția non-aleatorie a repetărilor familiei Alu în cromozomii umani. Mol. Biol. Reprezentant. 12, 117�. doi: 10.1007/BF00368879

Fischer, U., Keller, A., Voss, M., Backes, C., Welter, C. și Meese, E. (2012). Amplificarea genelor la nivel de genom în timpul diferențierii celulelor progenitoare neuronale in vitro. Plus unu 7:e37422. doi: 10.1371/journal.pone.0037422

Fischer, U., Kim, E., Keller, A. și Meese, E. (2017). Amplificările specifice și numărul de copii scade în timpul diferențierii celulelor stem neuronale umane către astrocite, neuroni și oligodendrocite. Oncotarget 8, 25872�. doi: 10.18632/oncotarget.15980

Fortune, M. T., Vassilopoulos, C., Coolbaugh, M. I., Siciliano, M. J. și Monckton, D. G. (2000). Mozaicism somatic dramatic, părtinitor de expansiune, dependent de vârstă, specific țesuturilor într-un model de șoarece transgenic al instabilității repetate triplete. Zumzet. Mol. Genet. 9, 439�. doi: 10.1093/hmg/9.3.439

Gasior, S. L., Wakeman, T. P., Xu, B. și Deininger, P. L. (2006). Retrotransposonul LINE-1 uman creează rupturi duble catenare ale ADN-ului. J. Mol. Biol. 357, 1383�. doi: 10.1016/j.jmb.2006.01.089

Gottipati, P., Cassel, T. N., Savolainen, L. și Helleday, T. (2008). Recombinarea asociată transcripției este dependentă de replicarea în celulele de mamifere. Mol. Celulă. Biol. 28, 154�. doi: 10.1128/MCB.00816-07

Greally, J. M. (2002). Elementele transpozabile scurte intercalate (SINE) sunt excluse din regiunile imprimate în genomul uman. Proc. Natl. Acad. Sci. STATELE UNITE ALE AMERICII. 99, 327�. doi: 10.1073/pnas.012539199

Gritti, A., Frölichsthal-Schoeller, P., Galli, R., Parati, E. A., Cova, L., Pagano, S. F., et al. (1999). Factorii de creștere epidermici și fibroblasti se comportă ca regulatori mitogeni pentru o singură populație asemănătoare celulelor stem multipotente din regiunea subventriculară a creierului anterior de șoarece adult. J. Neurosci. 19, 3287�. doi: 10.1523/JNEUROSCI.19-09-03287.1999

Grover, D., Majumder, P. P., C, B. R., Brahmachari, S. K. și Mukerji, M. (2003). Distribuția non-aleatorie a elementelor alu în gene din diferite categorii funcționale: informații din analiza cromozomilor umani 21 și 22. Mol. Biol. Evol. 20, 1420�. doi: 10.1093/molbev/msg153

Grover, D., Mukerji, M., Bhatnagar, P., Kannan, K. și Brahmachari, S. K. (2004). Analiza repetată Alu în genomul uman complet: tendințe și variații în ceea ce privește compoziția genomică. Bioinformatica 20, 813�. doi: 10.1093/bioinformatics/bth005

Guo, F., Yan, L., Guo, H., Li, L., Hu, B., Zhao, Y., și colab. (2015). Peisajele transcriptomului și metilomului ADN ale celulelor germinale primordiale umane. Celulă 161, 1437�. doi: 10.1016/j.cell.2015.05.015

Guo, H., Karberg, M., Long, M., Jones, J. P. III, Sullenger, B. și Lambowitz, A. M. (2000). Introni din grupul II proiectați să se introducă în situsurile țintă ADN relevante din punct de vedere terapeutic din celulele umane. Ştiinţă 289, 452�. doi: 10.1126/science.289.5478.452

Guo, H., Zhu, P., Wu, X., Li, X., Wen, L. și Tang, F. (2013). Peisaje de metilom cu o singură celulă ale celulelor stem embrionare de șoarece și embrioni timpurii analizate folosind secvențierea bisulfitului cu reprezentare redusă. Genom Res. 23, 2126�. doi: 10.1101/gr.161679.113

Guo, H., Zhu, P., Yan, L., Li, R., Hu, B., Lian, Y., și colab. (2014). Peisajul de metilare a ADN-ului embrionilor umani timpurii. Natură 511, 606�. doi: 10.1038/nature13544

Guo, H., Zimmerly, S., Perlman, P. S. și Lambowitz, A. M. (1997). Endonucleazele de intron din grupul II folosesc atât subunități de ARN, cât și subunități proteice pentru recunoașterea secvențelor specifice din ADN-ul dublu catenar. EMBO J. 16, 6835�. doi: 10.1093/emboj/16.22.6835

Gupta, R. C., Golub, E. I., Wold, M. S. și Radding, C. M. (1998). Polaritatea schimbului de catene de ADN promovată de proteinele de recombinare din familia RecA. Proc. Natl. Acad. Sci. STATELE UNITE ALE AMERICII. 95, 9843�. doi: 10.1073/pnas.95.17.9843

Halytskiy, V. (2009). Recombinarea în ADN-ul telomerului ca amplificator de îmbătrânire. Ucraina. Biokhim. Z. 81:163.

Hamazaki, N., Kyogoku, H., Araki, H. și Miura, F. (2021). Reconstituirea rețelei transcripționale a ovocitelor cu factori de transcripție. Natură. 589, 264�. doi: 10.1038/s41586-020-3027-9

Hamburger, A. W. și Salmon, S. E. (1977). Biotestul primar al celulelor stem tumorale umane. Ştiinţă 197, 461�. doi: 10.1126/science.560061

Han, T. S., Sattar, N. și Lean, M. (2006). ABC al obezității. Evaluarea obezității și implicațiile sale clinice. BMJ 333, 695�. doi: 10.1136/bmj.333.7570.695

Hannibal, R. L. și Baker, J. C. (2016). Amplificarea selectivă a genomului din jurul genelor placentare cheie în celulele gigantice de trofoblast. Curr. Biol. 26, 230�. doi: 10.1016/j.cub.2015.11.060

Hao, L. Y., Armanios, M., Strong, M. A., Karim, B., Feldser, D. M., Huso, D. și colab. (2005). Telomerii scurti, chiar și în prezența telomerazei, limitează capacitatea de reînnoire a țesuturilor. Celulă 123, 1121�. doi: 10.1016/j.cell.2005.11.020

Harley, C. B., Futcher, A. B. și Greider, C. W. (1990). Telomerii se scurtează în timpul îmbătrânirii fibroblastelor umane. Natură 345, 458�. doi: 10.1038/345458a0

Harris, C. R., Normart, R., Yang, Q., Stevenson, E., Haffty, B. G., Ganesan, S., și colab. (2010). Asocierea localizării nucleare a unei proteine ​​​​element-1 nucleare lung intercalate în tumorile mamare cu rezultate prognostice slabe. Gene Cancer 1, 115�. doi: 10.1177/1947601909360812

Harris, N. L. și Senapathy, P. (1990). Distribuția și consensul semnalelor punctului de ramificare în genele eucariote: o analiză statistică computerizată. Acizi nucleici Res. 18, 3015�. doi: 10.1093/nar/18.10.3015

Hartenstine, M. J., Goodman, M. F. și Petruska, J. (2000). Stivuirea bazelor și comportamentul par/impar al buclelor ac de păr în tripletul ADN repetă alunecarea și expansiunea cu ADN polimerază. J. Biol. Chim. 275, 18382�. doi: 10.1074/jbc.275.24.18382

Häsler, J. și Strub, K. (2006). Elemente Alu ca regulatori ai expresiei genelor. Acizi nucleici Res. 34, 5491�. doi: 10.1093/nar/gkl706

Henrichsen, C. N., Vinckenbosch, N., Zöllner, S., Chaignat, E., Pradervand, S., Schütz, F., et al. (2009). Variația segmentară a numărului de copii modelează transcriptoamele tisulare. Nat. Genet. 41, 424�. doi: 10.1038/ng.345

Herrera, E., Samper, E., Martín-Caballero, J., Flores, J. M., Lee, H. W. şi Blasco, M. A. (1999). Stările de boală asociate cu deficitul de telomerază apar mai devreme la șoarecii cu telomeri scurti. EMBO J. 18, 2950�. doi: 10.1093/emboj/18.11.2950

Hirasawa, R., Chiba, H., Kaneda, M., Tajima, S., Li, E., Jaenisch, R., et al. (2008). Dnmt1 maternă și zigotică sunt necesare și suficiente pentru menținerea amprentelor de metilare a ADN-ului în timpul dezvoltării preimplantare. Genes Dev. 22, 1607�. doi: 10.1101/gad.1667008

Hohjoh, H. și Singer, M. F. (1996). Complexe ribonucleoproteice citoplasmatice care conțin proteină umană LINE-1 și ARN. EMBO J. 15, 630� doi: 10.1002/j.1460-2075.1996.tb00395.x

Hu, E. A., Pan, A., Malik, V. și Sun, Q. (2012). Consumul de orez alb și riscul de diabet de tip 2: meta-analiză și revizuire sistematică. BMJ 344:e1454. doi: 10.1136/bmj.e1454

Iafrate, A. J., Feuk, L., Rivera, M. N., Listewnik, M. L., Donahoe, P. K., Qi, Y., et al. (2004). Detectarea variațiilor la scară largă în genomul uman. Nat. Genet. 36, 949�. doi: 10.1038/ng1416

Invernizzi, P., Bernuzzi, F., Lleo, A., Pozzoli, V., Bignotto, M., Zermiani, P., et al. (2014). Disfuncția telomerilor în celulele mononucleare din sângele periferic de la pacienții cu ciroză biliară primară. Digera. Ficat Dis. 46, 363�. doi: 10.1016/j.dld.2013.11.008

Issa, J. P., Ahuja, N., Toyota, M., Bronner, M. P. și Brentnall, T. A. (2001). Metilarea accelerată a insulei CpG legată de vârstă în colita ulceroasă. Cancer Res. 61, 3573�. doi: 10.1046/j.1523-5394.2001.009003155.x

Jaeckle, K. A., Decker, P. A., Ballman, K. V., Flynn, P. J., Giannini, C., Scheithauer, B. W. și colab. (2011). Transformarea gliomului de grad scăzut și corelarea cu rezultatul: o analiză a bazei de date NCCTG. J. Neurooncol. 104, 253�. doi: 10.1007/s11060-010-0476-2

Jang, K. L. și Latchman, D. S. (1989). Infecția cu HSV induce transcripție crescută a secvențelor repetate de Alu de către ARN polimeraza III. FEBS Lett. 258, 255�. doi: 10.1016/0014-5793(89)81667-9

Jeffs, A. R., Benjes, S. M., Smith, T. L., Sowerby, S. J. și Morris, C. M. (1998). Gena BCR se recombină de preferință cu elemente Alu în translocațiile complexe BCR-ABL ale leucemiei mieloide cronice. Zumzet. Mol. Genet. 7, 767�. doi: 10.1093/hmg/7.5.767

Jiménez-Zurdo, J. I., Garc໚-Rodríguez, F. M., Barrientos-Durán, A. şi Toro, N. (2003). Cerințe privind site-ul țintă ADN pentru homing in vivo a unui intron al grupului II bacterian care codifică o proteină lipsită de domeniul ADN-endonucleazei. J. Mol. Biol. 326, 413�. doi: 10.1016/S0022-2836(02)01380-3

Jurka, J. şi Zuckerkandl, E. (1991). Brațele stângi libere ca molecule precursoare în evoluția secvențelor Alu. J. Mol. Evol. 33, 49�. doi: 10.1007/BF02100195

Kabacik, S., Horvath, S., Cohen, H. și Raj, K. (2018).Îmbătrânirea epigenetică este diferită de îmbătrânirea mediată de senescență și nu este împiedicată de exprimarea telomerazei. Îmbătrânire 10, 2800�. doi: 10.18632/aging.101588

Kaminker, P. G., Kim, S. H., Taylor, R. D., Zebarjadian, Y., Funk, W. D., Morin, G. B. și colab. (2001). TANK2, o nouă poli(ADP-riboză) polimerază asociată cu TRF1, provoacă inducerea rapidă a morții celulare la supraexpresie. J. Biol. Chim. 276, 35891�. doi: 10.1074/jbc.M105968200

Kelly, S., Georgomanolis, T., Zirkel, A., Diermeier, S., O'Reilly, D., Murphy, S., et al. (2015). Îmbinarea multor gene umane implică site-uri încorporate în introni. Acizi nucleici Res. 43, 4721�. doi: 10.1093/nar/gkv386

Khitrinskaia, I., Stepanov, V. A. și Puzyrev, V. P. (2003). Alu se repetă în genomul uman. Mol. Biol. 37, 382� doi: 10.1023/A:1024218806634

Korbel, J. O., Urban, A. E., Affourtit, J. P., Godwin, B., Grubert, F., Simons, J. F., et al. (2007). Cartografierea la capătul pereche dezvăluie variații structurale extinse în genomul uman. Ştiinţă 318, 420�. doi: 10.1126/science.1149504

Kuchenbaecker, K. B., Hopper, J. L., Barnes, D. R., Phillips, K. A., Mooij, T. M., Roos-Blom, M. J. și colab. (2017). Riscuri de cancer mamar, ovarian și contralateral pentru purtătorii de mutații BRCA1 și BRCA2. JAMA 317, 2402�. doi: 10.1001/jama.2017.7112

Kulpa, D. A. și Moran, J. V. (2006). Activitate de transcriptază inversă LINE-1 cis-preferențială în particulele de ribonucleoproteină. Nat. Struct. Mol. Biol. 13, 655�. doi: 10.1038/nsmb1107

Kuper, H., Adami, H. O. și Trichopoulos, D. (2000). Infecțiile ca o cauză majoră prevenibilă a cancerului uman. J. Intern. Med. 248, 171�. doi: 10.1046/j.1365-2796.2000.00742.x

Lander, E. S., Linton, L. M., Birren, B., Nusbaum, C., Zody, M. C., Baldwin, J., et al. (2001). Secvențierea și analiza inițială a genomului uman. Natură 409, 860�. doi: 10.1038/35057062

Lauer, S. și Avecilla, G. (2018). Detectarea variantei numărului de copii dintr-o singură celulă dezvăluie dinamica și diversitatea adaptării. PLoS Biol. 16:e3000069. doi: 10.1371/journal.pbio.3000069

Lee, H. W., Blasco, M. A., Gottlieb, G. J., Horner, J. W. II., Greider, C. W. şi DePinho, R. A. (1998). Rolul esențial al telomerazei de șoarece în organele foarte proliferative. Natură 392, 569�. doi: 10.1038/33345

Lee, J. M., Zhang, J., Su, A. I., Walker, J. R., Wiltshire, T., Kang, K. și colab. (2010). O abordare nouă pentru a investiga instabilitatea repetată a trinucleotidelor specifice țesutului. BMC Syst. Biol. 4:29. doi: 10.1186/1752-0509-4-29

Leonard, D., Ajuh, P., Lamond, A. I. și Legerski, R. J. (2003). hLodestar/HuF2 interacționează cu CDC5L și este implicat în splicing pre-ARNm. Biochim. Biophys. Res. comun. 308, 793�. doi: 10.1016/S0006-291X(03)01486-4

Li, S., Teng, S., Xu, J., Su, G., Zhang, Y., Zhao, J., și colab. (2019). Microarray este un instrument eficient pentru profilarea circARN. Scurt. Bioinformatica 20, 1420�. doi: 10.1093/bib/bby006

Li, S. H., Schilling, G., Young, W. S. III., Li, X. J., Margolis, R. L., Stine, O. C., și colab. (1993). Gena bolii Huntington (IT15) este exprimată pe scară largă în țesuturile umane și de șobolan. Neuron 11, 985�. doi: 10.1016/0896-6273(93)90127-D

Li, X. și Manley, J. L. (2005). Inactivarea factorului de splicing al proteinei SR ASF/SF2 are ca rezultat instabilitatea genomică. Celulă 122, 365�. doi: 10.1016/j.cell.2005.06.008

Li, Y., Zhang, Z., Chen, J., Liu, W., Lai, W., Liu, B., şi colab. (2018). Stella protejează metilomul ovocitului prin prevenire de novo metilare mediată de DNMT1. Natură 564, 136�. doi: 10.1038/s41586-018-0751-5

Liu, G. și Leffak, M. (2012). Instabilitatea repetițiilor trinucleotidelor (CTG)n·(CAG)n și sinteza ADN-ului. Biosci celulare. 2:7. doi: 10.1186/2045-3701-2-7

Liu, L., Bailey, S. M., Okuka, M., Muñoz, P., Li, C., Zhou, L., și colab. (2007). Prelungirea telomerului la începutul dezvoltării. Nat. Cell Biol. 9, 1436�. doi: 10.1038/ncb1664

Liu, M., Xie, Z. şi Price, D. H. (1998). Un factor de terminare a transcripției ARN polimeraza II umană este un membru al familiei SWI2/SNF2. J. Biol. Chim. 273, 25541�. doi: 10.1074/jbc.273.40.25541

Liu, W. M., Chu, W. M., Choudary, P. V. și Schmid, C. W. (1995). Stresul celular și inhibitorii translaționali cresc tranzitoriu abundența transcrierilor SINE de mamifere. Acizi nucleici Res. 23, 1758�. doi: 10.1093/nar/23.10.1758

Liu, W. M., Maraia, R. J., Rubin, C. M. și Schmid, C. W. (1994). Transcrieri Alu: localizare și reglare citoplasmatică prin metilarea ADN-ului. Acizi nucleici Res. 22, 1087�. doi: 10.1093/nar/22.6.1087

Liu, Y. și Mi, Y. (2019). Măsurători multi-omice ale eterogenității celulelor HeLa în laboratoare. Nat. Biotehnologia. 37, 314�. doi: 10.1038/s41587-019-0037-y

Loft, S., Kold-Jensen, T., Hjollund, N. H., Giwercman, A., Gyllemborg, J., Ernst, E., şi colab. (2003). Leziunile oxidative ale ADN-ului în sperma umană influențează timpul până la sarcină. Zumzet. Reprod. 18, 1265�. doi: 10.1093/humrep/deg202

Lovekin, C., Ellis, I. O., Locker, A., Robertson, J. F., Bell, J., Nicholson, R. și colab. (1991). Expresia oncoproteinei c-erbB-2 în cancerul de sân primar și avansat. Br. J. Cancer 63, 439�. doi: 10.1038/bjc.1991.101

Maestre, J., Tchénio, T., Dhellin, O. şi Heidmann, T. (1995). Retropoziția ARNm în celulele umane: formarea pseudogenelor procesate. EMBO J. 14, 6333� doi: 10.1002/j.1460-2075.1995.tb00324.x

Maldarelli, F., Wu, X., Su, L., Simonetti, F. R., Shao, W., Hill, S., și colab. (2014). Latența HIV. Siturile specifice de integrare HIV sunt legate de expansiunea clonală și de persistența celulelor infectate. Ştiinţă 345, 179�. doi: 10.1126/science.1254194

Maraia, R., Zasloff, M., Plotz, P. şi Adeniyi-Jones, S. (1988). Calea expresiei B1-Alu în ovocitele microinjectate: Xenopus laevis proteine ​​asociate cu precursori nucleari și ARN-uri citoplasmatice procesate. Mol. Celulă. Biol. 8, 4433�. doi: 10.1128/MCB.8.10.4433

Maraia, R. J. (1991). Subsetul de secvențe de șoarece B1 (echivalent în Alu) exprimat ca transcripții citoplasmatice procesate mici. Acizi nucleici Res. 19, 5695�. doi: 10.1093/nar/19.20.5695

Maraia, R. J., Driscoll, C. T., Bilyeu, T., Hsu, K. şi Darlington, G. J. (1993). Loci dispersați multipli produc ARN Alu citoplasmatic mic. Mol. Celulă. Biol. 13, 4233�. doi: 10.1128/MCB.13.7.4233

Martin, S. L. (2006). Proteina ORF1 codificată de LINE-1: structură și funcție în timpul retrotranspoziției L1. J. Biomed. Biotehnologia. 2006:45621. doi: 10.1155/JBB/2006/45621

Matera, A. G., Hellmann, U. și Schmid, C. W. (1990). O subfamilie Alu competentă transpozițional și transcripțional. Mol. Celulă. Biol. 10, 5424�. doi: 10.1128/MCB.10.10.5424

Mathew, B. C., Daniel, R. S., Nabi, A., David, T. și Campbell, I. W. (2010). Telomer și telomeraza în cancer și îmbătrânire. Jamahiriya Med. J. 10, 86�.

Mathias, S. L., Scott, A. F., Kazazian, H. H. Jr., Boeke, J. D. şi Gabriel, A. (1991). Reverse transcriptaza codificată de un element transposabil uman. Ştiinţă 254, 1808�. doi: 10.1126/science.1722352

Matsutani, S. (2006). Legături între secvențe repetate. J. Biomed. Biotehnologia. 2006:13569. doi: 10.1155/JBB/2006/13569

McConnell, M. J., Lindberg, M. R., Brennand, K. J., Piper, J. C., Voet, T., Cowing-Zitron, C., și colab. (2013). Variația numărului de copii în mozaic în neuronii umani. Ştiinţă 342, 632�. doi: 10.1126/science.1243472

Meinhardt, G., Kaltenberger, S., Fiala, C., Kn཯ler, M. și Pollheimer, J. (2015). Amplificarea genei ERBB2 crește în timpul tranziției EGFR(+) proximală la trofoblastele coloanei celulare HLA-G(+) distale din primul trimestru. Placenta 36, 803�. doi: 10.1016/j.placenta.2015.05.017

Meyerson, M., Counter, C. M., Eaton, E. N., Ellisen, L. W., Steiner, P., Caddle, S. D. și colab. (1997). hEST2, presupusa genă a subunității catalitice a telomerazei umane, este reglată în sus în celulele tumorale și în timpul imortalizării. Celulă 90, 785�. doi: 10.1016/S0092-8674(00)80538-3

Muotri, A. R., Chu, V. T., Marchetto, M. C., Deng, W., Moran, J. V. și Gage, F. H. (2005). Mozaicism somatic în celulele precursoare neuronale mediat de retrotranspunerea L1. Natură 435, 903�. doi: 10.1038/nature03663

Murata, M. (2018). Inflamație și cancer. Mediul. Sănătate Prev. Med. 23:50. doi: 10.1186/s12199-018-0740-1

Muratori, M., Tamburrino, L., Marchiani, S., Cambi, M., Olivit, B., Azzari, C., et al. (2015). Investigarea originii fragmentării ADN-ului spermatozoid: rolul apoptozei, imaturității și stresului oxidativ. Mol. Med. 21, 109�. doi: 10.2119/molmed.2014.00158

Nei, M. și Rooney, A. P. (2005). Evoluția concertată și de naștere și deces a familiilor multigene. Annu. Pr. Genet. 39, 121�. doi: 10.1146/annurev.genet.39.073003.112240

Niu, D., Li, L., Yu, Y., Zang, W., Li, Z., Zhou, L., și colab. (2020). Evaluarea secvențierii de generație următoare pentru detectarea numărului de copii HER2 în cancerele de sân și gastric. Pathol. Oncol. Res. 26, 2577�. doi: 10.1007/s12253-020-00844-w

Nolin, S. L., Brown, W. T., Glicksman, A., Houck, G. E. Jr., Gargano, A. D., Sullivan, A., și colab. (2003). Expansiunea repetării fragile X CGG la femele cu premutație sau alele intermediare. A.m. J. Hum. Genet. 72, 454�. doi: 10.1086/367713

O'Reilly, S. M., Barnes, D. M., Camplejohn, R. S., Bartkova, J., Gregory, W. M. și Richards, M. A. (1991). Relația dintre expresia c-erbB-2, fracția de fază S și prognosticul în cancerul de sân. Br. J. Cancer 63, 444�. doi: 10.1038/bjc.1991.102

Ostertag, E. M., DeBerardinis, R. J., Goodier, J. L., Zhang, Y., Yang, N., Gerton, G. L. și colab. (2002). Un model de șoarece de retrotranspunere L1 umană. Nat. Genet. 32, 655�. doi: 10.1038/ng1022

Ouyang, S. P., Liu, Q., Fang, L. și Chen, G. Q. (2007). Construcția mutanților knockout definiți de pha-operon de Pseudomonas putida KT2442 și aplicațiile lor în producția de poli(hidroxialcanoat). Macromol. Biosci. 7, 227�. doi: 10.1002/mabi.200600187

Ozawa, M., Sakatani, M., Yao, J., Shanker, S., Yu, F., Yamashita, R., și colab. (2012). Expresia globală a genei a masei celulare interioare și a trofectodermului blastocistului bovin. BMC Dev. Biol. 12:33. doi: 10.1186/1471-213X-12-33

Pan, Q., Shai, O., Lee, L. J., Frey, B. J. și Blencowe, B. J. (2008). Supravegherea profundă a complexității de îmbinare alternativă în transcriptomul uman prin secvențierea de mare debit. Nat. Genet. 40, 1413�. doi: 10.1038/ng.259

Panda, A. C., De, S., Grammatikakis, I., Munk, R., Yang, X., Piao, Y., și colab. (2017). Metoda de izolare a ARN circular de înaltă puritate (RPAD) dezvăluie o colecție vastă de ARN-uri intrronice. Acizi nucleici Res. 45:e116. doi: 10.1093/nar/gkx297

Pandya-Jones, A. și Black, D. L. (2009). Îmbinarea co-transcripțională a exonilor constitutivi și alternativi. ARN 15, 1896�. doi: 10.1261/rna.1714509

Park, C. H., Bergsagel, D. E. și McCulloch, E. A. (1971). Celulele stem tumorale de mielom de șoarece: un test de cultură celulară primară. J. Natl. Cancer Inst. 46, 411�.

Paterson, M. C., Dietrich, K. D., Danyluk, J., Paterson, A. H., Lees, A. W., Jamil, N. și colab. (1991). Corelația dintre amplificarea c-erbB-2 și riscul de boală recurentă în cancerul de sân cu ganglioni negativi. Cancer Res. 51, 556�.

Percharde, M., Lin, C. J., Yin, Y., Guan, J., Peixoto, G. A., Bulut-Karslioglu, A., et al. (2018). Un parteneriat LINE1-nucleolină reglementează dezvoltarea timpurie și identitatea ESC. Celulă 174, 391�.e319. doi: 10.1016/j.cell.2018.05.043

Perepelitsa-Belancio, V. și Deininger, P. (2003). Trunchierea ARN prin poliadenilare prematură atenuează activitatea elementului mobil uman. Nat. Genet. 35, 363�. doi: 10.1038/ng1269

Prak, E. T., Dodson, A. W., Farkash, E. A. și Kazazian, H. H. Jr. (2003). Urmărirea unui eveniment de retrotranspunere L1 embrionară. Proc. Natl. Acad. Sci. STATELE UNITE ALE AMERICII. 100, 1832�. doi: 10.1073/pnas.0337627100

Quentin, Y. (1992a). Fuziunea unui monomer Alu liber stâng și a unui monomer Alu liber drept la originea familiei Alu în genomul primatelor. Acizi nucleici Res. 20, 487�. doi: 10.1093/nar/20.3.487

Quentin, Y. (1992b). Originea familiei Alu: o familie de monomeri asemănători Alu a dat naștere brațului stâng și drept al elementelor Alu. Acizi nucleici Res. 20, 3397�. doi: 10.1093/nar/20.13.3397

Redon, R., Ishikawa, S., Fitch, K. R., Feuk, L., Perry, G. H., Andrews, T. D. și colab. (2006). Variația globală a numărului de copii în genomul uman. Natură 444, 444�. doi: 10.1038/nature05329

Rinker, D. C., Specian, N. K., Zhao, S. și Gibbons, J. G. (2019). Evoluția urșilor polari este marcată de schimbări rapide ale numărului de copii ale genelor ca răspuns la schimbarea dietei. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 116, 13446�. doi: 10.1073/pnas.1901093116

Rissi, V. B. și Glanzner, W. G. (2019). Histona lizin demetilaza KDM7A este necesară pentru dezvoltarea normală și specificarea primei linii celulare la embrionii de porc. Epigenetica 14, 1088�. doi: 10.1080/15592294.2019.1633864

Romero, V., Hosomichi, K., Nakaoka, H., Shibata, H. și Inoue, I. (2017). Structura și evoluția regiunii repetate a genei filagrine la primate. BMC Evol. Biol. 17:10. doi: 10.1186/s12862-016-0851-5

R࿍iger, N. S., Gregersen, N. și Kielland-Brandt, M. C. (1995). O regiune scurtă bine conservată de secvențe Alu este implicată în rearanjamentele genelor umane și are omologie cu chi procariotic. Acizi nucleici Res. 23, 256�. doi: 10.1093/nar/23.2.256

Russanova, V. R., Driscoll, C. T. și Howard, B. H. (1995). Adenovirusul de tip 2 stimulează preferabil transcripția polimerazei III a elementelor Alu prin ameliorarea represiunii: un rol potențial al cromatinei. Mol. Celulă. Biol. 15, 4282�. doi: 10.1128/MCB.15.8.4282

Saeliw, T., Tangsuwansri, C., Thongkorn, S., Chonchaiya, W., Suphapeetiporn, K., Mutirangura, A., și colab. (2018). Analizele integrate de metilare a Alu și de profilare a transcriptomului la nivelul întregului genom dezvăluie rețele noi de reglementare epigenetică asociate cu tulburarea spectrului autist. Mol. Autism 9:27. doi: 10.1186/s13229-018-0213-9

Sebat, J., Lakshmi, B., Troge, J., Alexander, J., Young, J., Lundin, P. și colab. (2004). Polimorfismul numărului de copii la scară largă în genomul uman. Ştiinţă 305, 525�. doi: 10.1126/science.1098918

Shaikh, T. H., Roy, A. M., Kim, J., Batzer, M. A. și Deininger, P. L. (1997). cADN-uri derivate din transcripții primare și mici citoplasmatice Alu (scAlu). J. Mol. Biol. 271, 222�. doi: 10.1006/jmbi.1997.1161

Shampay, J. și Blackburn, E. H. (1988). Generarea eterogenității lungimii telomerilor la Saccharomyces cerevisiae. Proc. Natl. Acad. Sci. STATELE UNITE ALE AMERICII. 85, 534�. doi: 10.1073/pnas.85.2.534

Shao, X., Lv, N., Liao, J., Long, J., Xue, R., Ai, N. și colab. (2019). Variația numărului de copii este foarte corelată cu expresia diferențială a genelor: un studiu pan-cancer. BMC Med. Genet. 20:175. doi: 10.1186/s12881-019-0909-5

Sharif, J., Muto, M., Takebayashi, S., Suetake, I., Iwamatsu, A., Endo, T. A., et al. (2007). Proteina SRA Np95 mediază moștenirea epigenetică prin recrutarea Dnmt1 la ADN-ul metilat. Natură 450, 908�. doi: 10.1038/nature06397

Shay, J. W., Reddel, R. R. și Wright, W. E. (2012). Cancer. Cancerul și telomerii–o alternativă la telomerază. Ştiinţă 336, 1388�. doi: 10.1126/science.1222394

Shibata, Y., Kumar, P., Layer, R., Willcox, S., Gagan, J. R., Griffith, J. D., şi colab. (2012). MicroADN extracromozomiale și microdeleții cromozomiale în țesuturile normale. Ştiinţă 336, 82�. doi: 10.1126/science.1213307

Shirakawa, T., Yaman-Deveci, R., Tomizawa, S., Kamizato, Y., Nakajima, K., Sone, H., et al. (2013). Un comutator epigenetic este crucial pentru spermatogonia pentru a ieși din starea nediferențiată spre o identitate Kit-pozitivă. Dezvoltare 140, 3565�. doi: 10.1242/dev.094045

Singh, N., Baby, D., Rajguru, J. P., Patil, P. B., Thakkannavar, S. S. și Pujari, V. B. (2019). Inflamație și cancer. Ann. Afr. Med. 18, 121�. doi: 10.4103/aam.aam_56_18

Singh, N. N. și Lambowitz, A. M. (2001). Interacțiunea unei endonucleaze de ribonucleoproteină a intronului de grup II cu situsul său țintă ADN investigat prin amprenta ADN și interferența de modificare. J. Mol. Biol. 309, 361�. doi: 10.1006/jmbi.2001.4658

Sinnett, D., Richer, C., Deragon, J. M. și Labuda, D. (1992). Transcrieri de ARN alu în celulele de carcinom embrionar uman. Model de selecție post-transcripțională a secvențelor master. J. Mol. Biol. 226, 689�. doi: 10.1016/0022-2836(92)90626-U

Sitte, N., Saretzki, G. şi von Zglinicki, T. (1998).Scurtarea accelerată a telomerilor în fibroblaste după perioade prelungite de confluență. Rad liber. Biol. Med. 24, 885�. doi: 10.1016/S0891-5849(97)00363-8

Slamon, D. J. (1990). Studii ale proto-oncogenei HER-2/neu în cancerul de sân uman. Cancer Investig. 8:253. doi: 10.3109/07357909009017573

Smit, A. F. (1999). Repetări intercalate și alte amintiri ale elementelor transpozabile în genomul mamiferelor. Curr. Opinează. Genet. Dev. 9, 657�. doi: 10.1016/S0959-437X(99)00031-3

Smith, Z. D., Chan, M. M., Humm, K. C., Karnik, R., Mekhoubad, S., Regev, A. și colab. (2014). Dinamica de metilare a ADN-ului embrionului uman preimplantare. Natură 511, 611�. doi: 10.1038/nature13581

Sobinoff, A. P. și Pickett, H. A. (2020). Mecanisme care conduc la menținerea și recombinarea telomerilor în cancerele umane. Curr. Opinează. Genet. Dev. 60, 25�. doi: 10.1016/j.gde.2020.02.006

Soumillon, M., Necsulea, A., Weier, M., Brawand, D., Zhang, X., Gu, H., și colab. (2013). Sursa celulară și mecanisme de complexitate ridicată a transcriptomului în testiculul mamiferelor. Rep celular 3, 2179�. doi: 10.1016/j.celrep.2013.05.031

Spanò, M., Bonde, J. P., Hjøllund, H. I., Kolstad, H. A., Cordelli, E. şi Leter, G. (2000). Deteriorarea cromatinei spermatozoizilor afectează fertilitatea umană. Echipa daneză de studiu pentru planificarea primei sarcini. Fertil. Steril. 73, 43�. doi: 10.1016/S0015-0282(99)00462-8

Su, Y., Davies, S., Davis, M., Lu, H., Giller, R., Krailo, M., și colab. (2007). Exprimarea proteinei LINE-1 p40 în tumorile cu celule germinale maligne pediatrice și asocierea acesteia cu parametrii clinicopatologici: un raport de la Children's Oncology Group. Cancer Lett. 247, 204�. doi: 10.1016/j.canlet.2006.04.010

Sudmant, P. H., Mallick, S., Nelson, B. J., Hormozdiari, F., Krumm, N., Huddleston, J., et al. (2015). Diversitatea globală, stratificarea populației și selecția variației umane a numărului de copii. Ştiinţă 349:aab3761. doi: 10.1126/science.aab3761

Swinburne, I. A., Miguez, D. G., Landgraf, D. și Silver, P. A. (2008). Lungimea intronului crește perioadele oscilatorii de expresie a genelor în celulele animale. Genes Dev. 22, 2342�. doi: 10.1101/gad.1696108

Taggart, A. J., DeSimone, A. M., Shih, J. S., Filloux, M. E. și Fairbrother, W. G. (2012). Cartografierea la scară largă a punctelor de ramificare în transcrierile pre-ARNm umane in vivo. Nat. Struct. Mol. Biol. 19, 719�. doi: 10.1038/nsmb.2327

Takahashi, K. și Yamanaka, S. (2006). Inducerea celulelor stem pluripotente din culturi de fibroblaste embrionare și adulte de șoarece prin factori definiți. Celulă 126, 663�. doi: 10.1016/j.cell.2006.07.024

Tang, F., Barbacioru, C., Bao, S., Lee, C., Nordman, E., Wang, X., și colab. (2010). Urmărirea derivării celulelor stem embrionare din masa celulară internă prin analiza ARN-Seq unicelular. Celulă stem celulară 6, 468�. doi: 10.1016/j.stem.2010.03.015

Tirado, E. E., Rivnay, B., Marquette, M. L., Bourque, V., Araneo, C. și Leader, B. S. (2009). Vârsta este foarte corelată cu deteriorarea oxidativă a spermatozoizilor de la bărbați infertili. Fertil. Steril. 92, S220–S221. doi: 10.1016/j.fertnstert.2009.07.1524

Vanneste, E., Voet, T., Le Caignec, C., Ampe, M., Konings, P., Melotte, C., et al. (2009). Instabilitatea cromozomală este comună la embrionii umani în stadiul de clivaj. Nat. Med. 15, 577�. doi: 10.1038/nm.1924

Vatsavayai, S. C., Dallérac, G. M., Milnerwood, A. J., Cummings, D. M., Rezaie, P., Murphy, K. P., et al. (2007). Expansiunea progresivă a CAG în creier a unui nou model de șoarece R6/1�Q al bolii Huntington cu debut fenotipic întârziat. Brain Res. Taur. 72, 98�. doi: 10.1016/j.brainresbull.2006.10.015

Villasante, A., de Pablos, B., Méndez-Lago, M. și Abad, J. P. (2008). Menținerea telomerilor la Drosophila: evoluție rapidă a transpozonilor la capete ale cromozomilor. Ciclul celulei 7, 2134�. doi: 10.4161/cc.7.14.6275

Wagner, T. A., McLaughlin, S., Garg, K., Cheung, C. Y., Larsen, B. B., Styrchak, S., și colab. (2014). Latența HIV. Proliferarea celulelor cu HIV integrate în genele cancerului contribuie la infecția persistentă. Ştiinţă 345, 570�. doi: 10.1126/science.1256304

Wallace, N., Wagstaff, B. J., Deininger, P. L. și Roy-Engel, A. M. (2008). Proteina LINE-1 ORF1 îmbunătățește retrotranspunerea Alu SINE. Gene 419, 1𠄶. doi: 10.1016/j.gene.2008.04.007

Wan, R., Bai, R., Yan, C., Lei, J. și Shi, Y. (2019). Structurile spliceozomului de drojdie activată catalitic dezvăluie mecanismul de ramificare. Celulă 177, 339�.e313. doi: 10.1016/j.cell.2019.02.006

Wang, E. T., Sandberg, R., Luo, S., Khrebtukova, I., Zhang, L., Mayr, C., și colab. (2008). Reglarea alternativă a izoformelor în transcriptoamele de țesut uman. Natură 456, 470�. doi: 10.1038/nature07509

Wang, Y., Bernhardy, A. J., Nacson, J. și Krais, J. J. (2019). Elementele BRCA1 intrronic Alu conduc la rearanjarea genelor și rezistența la inhibitori PARP. Nat. comun. 10:5661. doi: 10.1038/s41467-019-13530-6

Wei, M., Grushko, T. A., Dignam, J., Hagos, F., Nanda, R., Sveen, L., și colab. (2005). Metilarea promotorului BRCA1 în cancerul de sân sporadic este asociată cu un număr redus de copii BRCA1 și aneusomie cromozomului 17. Cancer Res. 65, 10692�. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-05-1277

Wöhrle, D., Hirst, M. C., Kennerknecht, I., Davies, K. E. şi Steinbach, P. (1992). Mozaicismul genotipului în țesuturile fetale X fragile. Zumzet. Genet. 89, 114�. doi: 10.1007/BF00207057

Woodcock, D. M., Lawler, C. B., Linsenmeyer, M. E., Doherty, J. P. și Warren, W. D. (1997). Metilarea asimetrică în regiunea promotor CpG hipermetilată a retrotransposonului L1 uman. J. Biol. Chim. 272, 7810�. doi: 10.1074/jbc.272.12.7810

Xia, B., Yan, Y., Baron, M., Wagner, F., Barkley, D., Chiodin, M., și colab. (2020). Scanarea transcripțională pe scară largă în testicul modulează ratele de evoluție a genelor. Celulă 180, 248�.e221. doi: 10.1016/j.cell.2019.12.015

Yu, Z., Zhu, Y., Chen-Plotkin, A. S., Clay-Falcone, D., McCluskey, L., Elman, L. și colab. (2011). Expansiunile repetate PolyQ în ATXN2 asociate cu ALS sunt repetiții întrerupte CAA. Plus unu 6:e17951. doi: 10.1371/journal.pone.0017951

Yulug, I. G., Yulug, A. şi Fisher, E. M. (1995). Frecvența și poziția Alu se repetă în ADNc, așa cum este determinat de căutarea în baza de date. Genomica 27, 544�. doi: 10.1006/geno.1995.1090

Zhang, Y., Zhang, X. O., Chen, T., Xiang, J. F., Yin, Q. F., Xing, Y. H., şi colab. (2013). ARN-uri lungi necodante intrronice circulare. Mol. Celulă 51, 792�. doi: 10.1016/j.molcel.2013.08.017

Zheng, Y. H., Lovsin, N. și Peterlin, B. M. (2005). Factorii gazdă nou identificați modulează replicarea HIV. Imunol. Lett. 97, 225�. doi: 10.1016/j.imlet.2004.11.026

Zhu, P., Guo, H., Ren, Y. și Hou, Y. (2018). Secvențierea metilomului ADN unicelular a embrionilor umani preimplantați. Nat. Genet. 50, 12�. doi: 10.1038/s41588-017-0007-6

Cuvinte cheie: variația numărului de copii, transcripție, evoluție, dezvoltare embrionară, senescență, oncogeneză, recombinare omoloagă, retrotranspozoni

Referire: Sui Y și Peng S (2021) Un mecanism care duce la modificări ale variațiilor numărului de copii afectate de nivelul transcripțional ar putea fi implicat în evoluție, dezvoltare embrionară, senescență și oncogeneză mediată de retrotranspozoni. Față. Cell Dev. Biol. 9:618113. doi: 10.3389/fcell.2021.618113

Primit: 16 octombrie 2020 Acceptat: 11 ianuarie 2021
Publicat: 11 februarie 2021.

Valentina Massa, Universitatea din Milano, Italia

Pedro P. Rocha, Institutul Național de Sănătate și Dezvoltare Umană a Copilului Eunice Kennedy Shriver (NICHD), Statele Unite
Fang Bai, Universitatea Nankai, China

Drepturi de autor © 2021 Sui și Peng. Acesta este un articol cu ​​acces deschis distribuit în conformitate cu termenii licenței de atribuire Creative Commons (CC BY). Utilizarea, distribuirea sau reproducerea pe alte forumuri este permisă, cu condiția să fie creditați autorii originali și deținătorii drepturilor de autor și să fie citată publicația originală din această revistă, în conformitate cu practica academică acceptată. Nu este permisă nicio utilizare, distribuție sau reproducere care nu respectă acești termeni.


Priveste filmarea: Oac, oac, diri-diri-dam TOP 25 - Cântece pentru copii. TraLaLa (Iunie 2022).


Comentarii:

  1. Dikazahn

    Îmi pare rău că te întrerup, dar îmi propun să merg pe altă cale.

  2. Farry

    Without variants....

  3. Okoth

    Bravo, geniala idee si se cuvine

  4. Jake

    Random found this forum today and signed up to participate in the discussion of this issue.

  5. Duval

    Îmi cer scuze, dar, după părerea mea, greșești. Scrie -mi în pm.



Scrie un mesaj